Il complesso concentrazionario e di sterminio noto come Mauthausen, benché sotto il controllo del Terzo Reich, nasceva come proprietà della D.E.S.T., azienda fondata nell'aprile del 1938 e responsabile dello sfruttamento del lavoro forzato nei principali campi della Germania nazista.
Sotto la guida di Oswald Pohl, il battesimo della D.E.S.T. fu proprio il campo di Mauthausen, che sorgeva nei pressi di una cava di granito (materiale molto richiesto dall'architettura del Reich).



Per la costruzione di KZ Mauthausen, il primo lager del complesso, venne sfruttata prevalentemente forza lavoro proveniente dal campo di concentramento di Dachau, operativo già dal 1933.
Un anno dopo, per via dell'ingente numero di prigionieri che qui venivano internati (perlopiù prigionieri politici e criminali comuni), fu necessario costruire un nuovo campo all'interno del complesso (Gusen), ultimato nel maggio del 1940.

Durante i primi anni, il sistema concentrazionario non era servito da una camera a gas. Cionondimeno, il tasso di mortalità fu incredibilmente alto: gran parte dei prigionieri, infatti, morirono a causa delle durissime condizioni di lavoro, specie nelle cave. Molti deportati persero la vita, stremati, lungo i 186 scalini che separavano il fondo della cava dal campo di Mauthausen (gli "scalini della morte"), creando un sanguinoso effetto domino.



Il numero di morti tra i prigionieri cresceva di pari passo con la funzione economica del complesso, soprattutto nel campo di Gusen, il quale espandeva via-via le proprie specializzazioni, non più limitate all'estrazione di granito (operavano qui aziende impegnate nello sforzo bellico ed una casa farmaceutica).
Tra il 1940 ed il 1942 si stima che il peso medio dei prigionieri fosse intorno ai 40 chilogrammi.

Il complesso di Mauthausen può essere considerato, a ragione, non solo il campo di lavoro del Terzo Reich con il più alto tasso di mortalità, ma anche un vero e proprio campo di sterminio: già prima che la camera a gas permanente del campo fosse ultimata (dicembre del 1941), non erano infrequenti liquidazioni sommarie, iniezioni letali di fenolo e morti per ipotermia di prigionieri lasciati nudi e irrorati d'acqua a cielo aperto.



Negli ultimi mesi della guerra, come in tutti gli altri campi del Terzo Reich, le condizioni all'interno del complesso peggiorarono ulteriormente. Nel 1944 fu resa necessaria la costruzione di una nuova struttura (Gusen II), che contenne tra i 12.000 ed i 17.000 prigionieri.

Il complesso di Mauthausen, comandato sin dalla sua inaugurazione da Franz Ziereis, fu evacuato dalle forze naziste solo il 1° maggio del 1945 e liberato dalle armate statunitensi quattro giorni più tardi.